1999년 12월 31일 23시 59분. 세기가 바뀌는 그 순간 하늘로 '폭풍우'가 쏟아지고, 모든 파티와 조명, 대중교통들이 한순간에 사라졌다. 그리고, 세계는 새로운 과거로 돌아갔다.
앳되어 보이는 소녀, '타임키퍼'는 폭풍우의 영향을 받지 않는 유일한 사람이다. 그녀는 수많은 시대의 증인으로, 거센 물살을 헤치며 다양한 시대와 나라의 마도학자들을 만났고, 그들을 이끌고 '폭풍우'에서 탈출하려 한다.